اصدر رئيس "مجلس الوزراء" قراراً تضمن تحديد بدلات وأجور عمليات الاستثمار عن مختلف الخدمات التي تقدمها "محطة طرطوس للحاويات" والبضائع التي تصل الى المحطة وتمر فيها وفق البدلات المقطوعة الملحقة بالقرار وذلك لقاء الاعباء والنفقات التي تتحملها على أن تقدم المحطة خدماتها وفق ساعات العمل المقررة والنظام النافذ لدى "الشركة العامة لمرفأ طرطوس".
وتستحق البدلات والاجور المحددة على جميع الحاويات والبضائع مهما كانت عائديتها من قطاع عام أو خاص مع مراعاة الاستثناءات الصادرة عن الجهة صاحبة الصلاحية بالاعفاء أو التخفيض، ويحق للجنة الادارية لمرفأ طرطوس أن تقوم بتحديد واصدار الاجور الواجب استيفاؤها للخدمات والروافع والآليات التي قد تحدث أو تورد بعد نفاذ هذا القرار.
وبحسب "وزارة النقل" فقد سبق وصدر قرار "مجلس الوزراء" 25/9/2013 المتضمن تعرفة محطة طرطوس المستثمرة سابقاً من قبل الشركة الفلبينية، وبعد فسخ العقد مع الشركة المذكورة وانتقال ادارة المحطة الى المرفأ تم توجيه "الشركة العامة لمرفأ طرطوس" لدراسة تعرفة مستقلة لمحطة الحاويات منفصلة عن تعرفة المرفأ اسوة بتعرفة محطة حاويات اللاذقية الدولية، على أن يتم فيها احتساب البدلات بالدولار الاميركي للبضائع التي ترد بقصد الترانزيت وبالليرة السورية للبضائع التي مقصدها محلي وفق نشرة اسعار الصرف الصادرة عن مصرف سورية المركزي مشيرةً الى أن هذه التعرفة تحقق مبدأ المنافسة بين التعرفات الخاصة بالحاويات في كل من مرفأ اللاذقية ومرافئ الدول المجاور