تعمل وزارة النقل مع مديرية الجمارك العامة على توحيد عمل المخابر التابعة لدى الجهتين في كلا المرفئين في طرطوس واللاذقية، إضافة إلى إيجاد الآلية والطرق المناسبة لعمل المخابر في كلا المرفئين.
وكان القرار الأخير الخاص بعمل المخابر، قد حدد أجور التحاليل المخبرية للقرائن التي يجريها كل من المخبرين المركزيين للشركتين العامتين لمرفئي اللاذقية وطرطوس بالليرة السورية وفق جداول محددة، وفي حال تعذرت إمكانية تنفيذ بعض الاختبارات للتحاليل المشار إليها سابقاً لطارئ فني أو ظرف ما، فيمكن للزبون إجراء التحاليل عينها في أحد المخابر الأخرى المعتمدة من قبل الجمارك وعلى نفقته الخاصة أو عبر مخبري الشركتين العامتين لمرفأي اللاذقية وطرطوس وفي هذه الحالة يستوفى ما قيمته 25% زيادة فوق التعرفة المستوفاة من المخبر البديل.
